Peter Petersen wurde 1884 als erster Sohn einer Kleinbauerfamilie nahe Flensburg (D) geboren. Da seine Begabung in der Schule früh erkannt wurde, bekam er zusätzlichen Förderunterricht und besuchte schlussendlich die Anstalt des königlichen Gymnasiums zu Flensburg.

Dort erfuhr er inmitten seiner Mitschüler aus bürgerlichem oder großbürgerlichem Hause gesellschaftliche Ausgrenzung. Diese Erfahrung machte ihn ein Leben lang sensibel für soziale Unterdrückung. Auch die äußere Disziplinierung, die er dort erlebte, prägten ihn. Im Anschluss besuchte Peter Petersen die Universität. Er schloss seine Ausbildung 1909 mit der Prüfung für das Lehramt an Höheren Schulen ab, welcher er mit Auszeichnung bestand. Danach sammelte er erste Unterrichtserfahrungen als Hilfslehrer, bis er nach 5 Monaten an die Gelehrtenschule des Johanneums nach Hamburg berufen wurde. Diese Stadt war damals eine Hochburg des reformpädagogischen Aufbruchs und hatte einen beträchtlichen Einfluss auf seine Sicht auf Bildung und Unterricht. Peter Peterson übernahm einige Ämter und Aufgaben, die zeigten, dass er sich nicht nur auf seinen Unterricht konzentrierte, sondern sich früh in Bezug auf Schulentwicklung Gedanken machte und sich aktiv einzubringen versuchte. So war er Sekretär des Deutschen Bundes für Schulreform und Mitglied der kollegialen Schulleitung der revolutionären Realschule Winterhude.

Er entwickelte die Idee einer Einheitsschule vom Kindergarten bis zum Abitur mit gemeinsamen pädagogischen Grundsätzen. Als Folge dieser Idee postulierte er auch die gleichberechtigte Ausbildung von Volksschul- und Gymnasiallehrer an einer Universität.

Die Ideen des Pädagogen wurden in der „neuen“ Lichtwarkschule in Hamburg, in der er von 1920-1923 arbeitete, erprobt: Es gab Formen von jahrgangsübergreifendem, ganzheitlichem Lernen, die Unterteilung des Unterrichts in Kern und Kurs, Koedukation, Schulwohnstube, Feste und Feiern, Elternmitarbeit und – mitspracherecht.

Ab 1924 lehrte der Pädagoge an der Universität Jena. Gleichzeitig fanden seine Vorstellungen Einzug in der Universitätsübungsschule, die dadurch eine große Veränderung erfuhr. 1927 stellte Peter Petersen seine Arbeit auf dem Weltkongress des „New Education Fellowship“ in Locarno vor und präsentierte sie als Synthese verschiedener Reformpädagogischer Ideen. Er vereinigte die Reformbestrebungen vieler Pädagogen wie z.B. Freinet und Decroly zu etwas Neuem. Heute ist das Pädagogische Konzept von Peter Petersen bekannt als „Jenaplan“.  Dies ist keine Methode, sondern ein Konzept. Peter Petersen bezeichnete es auch als „Ausgangsform“ und erklärte, dass es sehr viele verschiedene schulische und gesellschaftliche Wirklichkeiten gebe. Daraus resultierten auch unterschiedliche Bedürfnisse und Anforderungen an die schulische Erziehung. Deshalb sei es sinnvoll, dem Pädagogen allgemeine Grundsätze, eine Form und einen Plan zu geben. Es liege dann in der Verantwortung des Lehrers, wie er versucht, in diesem Rahmen sein Ziel zu erreichen.

In der Folge hielt er viele Vorträge, publizierte häufig und erreichte so ein breites Publikum.

Die Zeit des Nationalsozialismus und den 2. Weltkrieg überstand Petersens Schule in Jena, obwohl reformpädagogische Ansätze in dieser Zeit in fast allen anderen Schulen Europas verschwanden. In der Nachkriegszeit wurde seine Schule als „reaktionäres Überbleibsel aus der Weimarer Republik“ aber geschlossen und der Pädagoge erwog, in den Westen zu gehen, was er am Ende aber nicht tat. Er starb 1952 mit 68 Jahren.
 (Eichelberger, Harald, Wilhelm, Marianne: der Jenaplan heute- eine Pädagogik für die Schule von morgen, Innsbruck, Wien, München, Studien- Verlag, 2000, S.28-31, 35)