Die Stammgruppe kann als Kernstück der Jenaplan-Pädagogik von Peter Petersen bezeichnet werden. Im Jenaplan werden die Jahrgangsklassen abgelöst durch Stammgruppen, in denen jeweils 2 oder 3 Jahrgänge zusammengefasst sind.

Der pädagogische Sinn dieser Organisation liegt vor allem in einer Bereicherung des Gemeinschaftslebens. Durch die jährliche sich verschiebende Stellung des Kindes innerhalb der Stammgruppe werden lang anhaltende Außenseiterrollen (Klassenbester, Schlechtester) vermieden. Trotzdem wird Kontinuität gewährleistet, weil das Kind mit einem Drittel der Gruppe weiter geht.

Wir haben an unserer Schule Stammgruppen in der Unterstufe, in denen die Jahrgänge der 1., 2. und 3. Klasse gemischt arbeiten. Es gibt auch eine Stammgruppe der Oberstufe, in der zur Zeit nur der Jahrgang der 4. Klasse arbeitet, da wir im Reformpädagogikzug noch keine 5. Klasse haben.

In den Stammgruppen wird der Morgenkreis- bzw. der Abschlusskreis abgehalten, die Feier und der Klassenrat von den Schülern organisiert und moderiert, aber auch an gemeinsamen Themen gearbeitet. Peter Petersen fasst die Schüler in den Stammgruppen zu Erziehungsgemeinschaften zusammen, wo sie Selbstverantwortung und Gemeinschaftsfähigkeit erlernen und praktizieren können.