Der naturwissenschaftliche Bereich wird vor allem im Atelier 6 berücksichtigt. Naturwissenschaften werden bei Freinet nicht mehr in Form von Demonstrationen und Bücherwissen vermittelt, sondern durch eine Methode, die den Kindern selbst erlaubt,

„die Dinge zu prüfen, durch aufmerksame Beobachtung der ganzen sie umgebenden toten oder belebten Natur, die es erlaubt, zu messen, zu untersuchen, zu versuchen und letztendlich die Wissenschaft neu aufzubauen und zu erschaffen“ (Freinet 1998, S. 463).

Voraussetzung eines solchen neuen Unterrichts sind zum einen kompetente Lehrpersonen und zum anderen die Umgebung, die so vorzubereiten ist, damit ein selbständiges Arbeiten der Kinder gewährleistet wird. Freinet sieht für den naturwissenschaftlichen Unterricht folgendes Material vor:

• Material und Anleitungen für die Beobachtung der Natur und für Versuche im Garten und auf dem Feld
• Material und Anweisungen für Beobachtungen bei der Aufzucht und Pflege von Tieren
• Bücher mit vielen verschiedenen Illustrationen
• Ein weiteres unerlässliches Material sind Apparate für meteorologische Beobachtungen, wie z. B. das Thermometer und Barometer
• Für den Bereich der Biologie sieht Freinet  Pflanzen- und Tiersammlungen sowie Flora und Fauna vor, die zum Beobachten, Untersuchen, Experimentieren und zum Anlegen von Terrarien und Herbarien verwendet werden können.
• Material für wesentliche chemische Versuche
• Mikroskop
• Elektrisches und mechanisches Material (vgl. Freinet 1998, S. 464)

Der Bereich der Naturwissenschaften sollte nach Freinet am meisten Aufmerksamkeit erhalten, „denn er wird die Brücke schlagen zwischen der schulischen Aktivität und dem heutigen vorberuflichen industriellen Lernen“ (ebd. S. 464).

Das Atelier der Naturwissenschaften kommt den Bedürfnissen der Kinder nach, Versuche zu machen, etwas nachzuahmen und soziale Kontakte zu pflegen. Kinder dokumentieren ihre Arbeit, die sie in den Ateliers durchführten. Sie verfassen Texte, die sie mit der Druckerei vervielfältigen und die somit öffentlich gemacht  werden.